Der Publizist arbeitet heute in Pristina, der Hauptstadt der südserbischen Provinz Kosovo. Anfang der neunziger Jahre zählte er zu den Gründern der Sozialdemokratischen Partei des Kosovo, deren Vorsitzender er bis 1993 blieb. Danach verließ Maliqi die Partei und betätigt sich seitdem vor allem im parallelen Bildungswesen, das im Kosovo nach der Schließung der Schulen und Universitäten von der albanischen Bevölkerung aufgebaut wurde. Er ist Mitglied der von George Soros finanzierten Open Society Foundation und war Mitglied der kosovo-albanischen Delegation bei den Verhandlungen mit der Belgrader Führung im vergangenen Jahr.